窺基大師有二部論書尚未完成：《因明入正理論疏》、《大乘法苑義林章》。後由慧沼法師後面的註釋，分別為《因明入正理論續疏》與《大乘法苑義林章補闕》八卷（現存卷四、卷七、卷八）。
沼闍梨目前遺留下來的著作有：《法華玄贊義決》、《金光明最勝王經疏》、《十一面神咒心經義疏》、《因明義斷》、《因明入正理論義纂要》、《因明入正理論續疏》、《能顯中邊慧日論》、《勸發菩提心集》、《成唯識論了義燈》與《大乘法苑義林章補闕》等。其《成唯識論了義燈》，為《成唯識論》三箇疏之一。已經佚失著作有《能斷金剛般若經疏》、《發菩提心論疏》等十種二十九卷，著實可惜。
日本僧人良算著名的《唯識論同學鈔》、護命的《大乘法相研神章》、基辨的《大乘法苑義林章師子頻伸鈔》，多所引用《能顯中邊慧日論》內文法義，足見此論在日本法相唯識宗受到一定的重視，而此三部論疏，卻恰巧也是日本法相唯識宗重要的依據著書。
本論主要有四卷、三章：爰真破執章、引鑒除謬章、依文顯正。
爰真破執章第一：
破定時因一、破定教時二、破定權實三、破妄通經四、破行性遍、破定顯密五、破緣正佛性執六
引鑒除謬章第二：
標彰五性謬一、種性不同謬二、本性住性謬三、五性唯新謬四、真如為種謬五、通經法爾謬六、漏生無漏謬七、說教前後謬八、增壽非了謬九、說妄通經謬十、通釋外難謬十一、
依文顯正三：
明佛性不同一、有無差別二、明闡提類異三、聲聞有殊四、二死不等五、明佛三身常無常異六、雜決擇七
2019年2月 於台灣菩薩藏
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