漢語以及藏語佛教乃為兩個不同系統所構成，根據《龍藏》《大元至元法寶勘同目錄》所記錄，藏語佛教所收經論與漢語佛教相比對，缺了至少八百餘種經論，包含經藏、中觀、唯識、阿毘達摩論與律部。

然觀今之學人，藏語佛教引用其古德破唯識，常常違背了相符極成過，因兩者根本為不同系統，現代解釋者又根據了這些去廣破漢語唯識宗，實際上就是沒有深入比對漢、藏語系佛教之收藏三藏差異有多少所導致，既然沒有收錄相關經論，彼等所得出之結論，當然不可能與其相同，往往兩者皆在雞同鴨講。如言空中，實無水月，眼壞者見，此水中月；彼已然許，無境識生，無境識生，自語相違。

若藏語大藏經與漢語大藏經《弘法藏》1,644部，7,182卷相比，則： 一、漢藏共有的經論是約640種 。 二、漢語有而藏語無的經論是約880餘種（包括重譯）。 三、通過漢文轉譯成藏文的，現存20種。

若再與《大正新修大藏經》13,520卷，則藏語大藏經所缺經論又更多了。

（一）、除中觀、唯識、阿毗達摩所缺之外，密教重要經疏儀軌所缺： 陀羅尼集經 十二卷 勝幢臂印陀羅尼經 妙臂印幢陀羅尼經 大法炬陀羅尼經二十卷 大威德陀羅尼經二十卷 一字佛頂輪王經五卷 虛空藏菩薩能滿諸願最勝心陀羅尼求聞持法一卷 佛說秘密三昧大教王經四卷 最上大乘金剛大教寶王經二卷 大乘瑜伽金剛性海曼殊師利千臂千缽大教王經十卷 金剛頂瑜伽現證大教王經二卷：工查布以為應當與《釋續金剛頂》進行對讀。 妙吉祥平等觀門大教王經五卷 守護國界主陀羅尼經十卷 金剛頂瑜伽中略出念誦法四卷 金剛頂經瑜伽修習毗盧遮那三摩地法一卷 金剛頂經瑜伽般若理趣一卷 金剛頂瑜伽十八會指歸一卷 金剛頂瑜伽三十七尊禮懺文一巻 佛說持明藏瑜伽大教尊那菩薩大明成就儀軌經四卷 蘇悉地羯羅供養法三卷 金剛頂勝初瑜伽經中略出大樂金剛薩埵念誦儀一卷 大樂金剛薩埵修行成就儀軌一卷

另，大佛頂如來密因修證了義諸菩薩萬行首楞嚴經，工查布認為「雖甘珠爾中收入，但是偽。」

（二）、菩薩對法藏117部629卷61帙 缺： 大智度論一百卷90品 彌勒菩薩所問經論五卷 寶髻菩薩四法經論二卷天親菩薩造 能斷金剛般若波羅密多經論頌二卷無著菩薩造。 金剛般若破取著不壞假名論二卷功德施菩薩 勝思維梵天所問經論四卷 涅槃論一卷 天親菩薩造 涅槃經本有今無偈論一卷 遺教經論一卷 無量壽經論一卷天親菩薩造 三具足經論一卷天親菩薩造

（三）、大乘集義論96部474卷46帙： 顯揚聖教論 二十卷11品。無著菩薩造。 瑜伽師地論釋一卷最勝子菩薩造。 顯揚聖教論頌一卷11品。無著菩薩造。 王法正理論一卷彌勒菩薩造。 十八空論一卷。 十住毗婆沙論 十四卷35品。龍樹菩薩造 菩提資糧論六卷龍樹菩薩造 大莊嚴經論十五卷馬鳴菩薩造 順中論二卷無著菩薩造 佛性論 四卷16品。天親菩薩造 決定藏論二卷1品。 顯識論一卷2品。 轉識論一卷。 成唯識寶生論五巻 成唯識論十卷護法等菩薩造玄奘譯 大丈夫論 二卷29品。提婆羅造 大乘掌珍論 二卷 清辨菩薩造 發菩提心論 二卷12品 三無性論二卷 方便心論一卷4品 如實論一卷3品 十二因緣論 一卷 壹輸盧伽論一卷龍樹菩薩造 取因假設論一卷陳那菩薩造 觀總相論頌一卷陳那菩薩造 止觀門論頌一卷世親造 六門教授習定論一卷 無著本世親造 大乘法界無差別論一卷堅惠菩薩造 法界無差別論一卷 破外道小乘四宗論一卷提婆菩薩造 破外道小乘涅槃論一卷 金剛頂瑜伽中發阿耨多羅三藐三菩提心論一卷（日本東密根本論） 菩提心離相論一卷龍樹菩薩造 大乘二十頌論一卷大龍樹造 集諸法寶最上義論二卷善寂菩薩造 集大乘相論二巻覺吉祥菩薩造 諸教決定名義論一卷大彌勒菩薩造 金剛針論 一卷 法稱菩薩造 大乘中觀論 十八卷 安惠造 大乘地宗地玄文本論八卷馬鳴菩薩造 釋摩訶衍論十卷龍樹菩薩造

（四）、聲聞對法藏（小乘對法藏）38部708卷73帙： 阿毗達磨大毗婆沙論二百卷 順正理論 八十卷8品。尊者眾賢造 顯宗論四十卷9品。尊者眾賢造 阿毗曇心（論）四卷10品。尊者法勝造 法勝阿毗曇心論六卷 雜阿毗曇心論十一卷 阿毗曇甘露味論二卷 瞿沙造 尊婆須蜜所集論 十卷11品 三法度論二卷3品。 成實論 二十卷202品。訶黎跋摩造 立世阿毗曇（論）十卷25品 解脫道論十二卷12品 舍利佛阿毗曇論二十二卷四分33品 五事毗婆沙論二卷3品 髀婆沙論十四卷42處 三彌底（部）論三卷。 分別功德論四巻 四諦論 四卷6品。婆藪跋摩造 辟支佛因緣論二卷 施設論七卷

（五）、東土聖賢集傳119部1130卷皆無藏語本（全缺）。

以上僅只列舉。