唯識宗真的是以《解深密經》為主嗎？窺基法師註解關於般若經的著書，大概有幾種，如：《大般若波羅蜜多經般若理趣分述讚》、《般若波羅蜜多心經幽贊》、《金剛般若經贊述》、《說無垢稱經疏》、《金剛般若論會釋》等。除了般若系的經論外，同時也註解了《妙法蓮華經》成為了《玄贊》、以及關於淨土法門的《阿彌陀經通贊疏》，所以，一個深入法義者，並不可能只依持一部經爾。頂多只能夠說十大論師在註解世親菩薩的著作時，確實是以《解深密》、《楞伽》、《厚嚴》（密嚴經）、《大乘莊嚴》、《華嚴》等經為主，這樣說，比較客觀也較為符合事實。現在許多學者為了方便研究，而將諸部、諸宗作為切割，實際上對於修學佛法而言，並無多大益處，徒增我見爾。
像是無漏種的部份，首先也並非唯識宗提倡，在從前的二乘論著中即能找到一些蹤跡，乃至龍樹的著作中亦能尋覓，另外像是有為、無為法、有漏、無漏法的部份，基本上皆為三乘共取義，只不過到了中國，自性清淨心義就真的成為了大眾部、化地、乃至地論宗所建立的無為緣起、真如緣起義，關於這點，在婆沙師、龍樹、無著、世親等著作中亦以破之。
如龍樹說「無為法不從因緣生，故應實。」此與唯識宗所言的人、我二空所顯法性亦同，真如空性非所緣生義，但為所顯義。如《智度》說：「色、無色法無故，無為法亦無。何以故？因有為故有無為；若無有為，則亦無無為。」…「復次，有為法因緣生，故不實；無為法不從因緣生，故應實，復云何言畢竟空？堅固不堅固不定，故皆空。」…「復次，聖人有為無漏法，從有漏法緣生；有漏法虛妄不實，緣所生法，云何為實？離有為法，無無為法。如先說：「有為法實相，即是無為法。以是故，一切法畢竟不可得故，名為畢竟空。」所以，從這裡的法義可以見到異生有情虛妄不實的有漏法，要轉為無漏有為法還是需從有漏十二緣起逆轉，這裡所說的也與唯識宗相通。
那麼，牟宗三所依據的天台宗論典是否真的講真如緣起呢？智者大師在晚年時，最後著作的一本論書《維摩經玄疏》卷二提到：「若爾豈全同地論師計真如法性生一切法？豈全同攝大乘師計黎耶識生一切法也？」
《玄疏》又提到：「問曰：各計何失？答曰：若無失者，二大乘論師何得諍同水火也。次明修無作三昧，觀真如實相，不見緣修作佛，亦不見真修作佛，亦不見真緣二修合故作佛。亦不離真緣二修而作佛也。四句明修即是四種作義，若無四修即無四依。是無作三昧也。若爾，豈同相列北道明義緣修作佛？南土大小乘師亦多用緣修作佛也，亦不同相州南道明義用真修作佛。
問曰：偏用何過？答曰：正道無諍，何得諍同水火。今明用三三昧修一實諦，開無明顯法性，忘真緣離諍論，言語法滅無量罪除，清淨心一水若澄清，佛性寶殊自然現也，見佛性故即得住大涅槃。
問曰：若爾者今云何說。答曰：《大涅槃經》云：「不生不生名大涅槃，以修道得故故不可說，豈如諸大乘論師偏執定說也。今以因緣故亦可得說者，若解四悉檀意如前異說，皆大利益眾生興顯佛法也。」」四悉檀義者，於龍樹《智度》、玄奘三藏《成唯識論》中亦有提及，足見智者大師講的與地論、大眾部、化地部所言不同，知無漏無為非緣起義故，若同，則同分別論者所言、亦落於數論外道所立。
而有漏無漏種子的部份，除了本有、始起義外，最好再能從種子六義深入會較好，如「待眾緣，謂此要待自眾緣合功能殊勝方成種子，此遮外道執自然因不待眾緣恒頓生果，或遮餘部緣恒非無，顯所待緣非恒有性，故種於果非恒頓生。」「引自果，謂於別別色心等果各各引生方成種子，此遮外道執唯一因生一切果，或遮餘部執色心等互為因緣。」所以，成立種子義，並非只有在先天、或者後天上簡略的說明，還必須在六義上作細說會較為妥當。牟先生對於無漏種的誤解，如前文已破。
那麼，像是真如緣起究竟是誰提倡的最多？曰：宗密。宗密本身註解《圓覺經》而成為大疏、略疏二書，內容多以真如緣起為主義。
所以說，登地菩薩不思議薰變皆以藏識為主，能所生故、攝一切種故名為一切種識。以阿賴耶識能含淨種故名為藏。慧沼於《能顯中邊慧日論》說：「然名應得因者，由有如故，後必當得淨位法身故，名應得因，故《佛性論》云：「雖未即顯，必當可現，故名應得正因。」《勝鬘》：「在纏名如來藏，出纏名法身。」據有性說，非無性者，當能顯故，未顯名因，顯名法身故。二論中說為因者，以在因位，即名為因，若在果位，即名為果，即因位如是果，法身名為正因，非正生、了。何以得知？《佛性論》云：「初云因者，有二：一、佛性；二、信樂。此兩法，佛性是無為，信樂是有為。信樂約性得佛性為了因，能顯了正因正性故」，此望法身四德而說；「信樂約加行為生因，能起眾行故」，此望報身，不說真如為生、了故。」
一切法皆如義者，為攝相歸性義，如《無垢稱》、《勝鬘》、《大般若經理趣分》所言一切眾生皆如來藏義。所以一切法有為、無為雙證非一異性，方為中道義，偏離一邊而說空，即為斷滅空、偏離一邊而說不空，則為真常我見空，皆不可取。