其實牟宗三對於天台、唯識、甚至俱舍、婆沙、乃至中觀的見解常常是一知半解,有些囫圇吞棗的不是很精準、或者是前文對、後文錯,或者為大綱則正、細文則謬。

《瑜伽》大論云:「若有人問言:菩薩以何為本?應決定答言:以大悲為本。」《瑜伽》本係出一切有部,故重對法,然菩薩對法論中,亦倡三性、三無性真義,以眾生不知、不解、不證,故而拒斥三轉法輪之真勝義諦。